Это зависит от вида судопроизводства, в рамках которого она назначается. В гражданском, арбитражном процессе, в рамках КоАП РФ экспертиза может проводиться в государственном учреждении (экспертно-криминалистические центры МВД, бюро СМЭ, ЦСЭ Минюста России и другие), в негосударственной экспертной организации либо конкретным экспертом. На деятельность лиц, которые не являются государственными экспертами, в этом случае будут распространяться положения Закона № 73-ФЗ, перечисленные в статье 41 этого нормативного акта. В рамках уголовного судопроизводства проведение экспертизы может быть поручено негосударственной организации, только если её проведение в государственном учреждении невозможно. Экспертизы по уголовным делам вправе проводить автономные некоммерческие организации и другие НКО, у которых этот вид деятельности закреплён в уставе.

Судебная экспертиза назначается судом, следователем (дознавателем), расследующим уголовное дело, либо органом административной юрисдикции. Вопросы эксперту перечисляются в соответствующем определении или постановлении. Участники процесса вправе на стадии назначения экспертизы вносить свои предложения в список вопросов. Судья или должностное лицо может включить их либо отклонить ходатайство с указанием мотивов такого решения. Вопросы для независимой экспертизы определяет заказчик исследования, как правило, по предварительному согласованию с экспертом.

Это зависит от вида экспертизы. Иногда исследование проводится только по документам, но в большинстве случаев экспертиза включает непосредственное обследование объекта. Небольшие предметы можно предоставить эксперту вместе с другими материалами, а для исследования недвижимого имущества, промышленного оборудования или других подобных объектов специалист обычно выезжает на место. Заказчик независимого исследования должен обеспечить ему доступ.

Итоговым документом, в котором отражаются результаты судебной экспертизы, является заключение. В него включают сведения, перечисленные в статье 25 Закона № 73-ФЗ, в том числе: содержание исследования; применённые методы; оценку полученных результатов; выводы по поставленным вопросам с обоснованием. Эксперт вправе приложить к заключению фотографии, схемы, диаграммы, другие иллюстрирующие материалы. Они входят в состав итогового документа и вместе с ним передаются инициатору исследования. Документы, отражающие ход исследования, остаются в организации, но могут быть предоставлены для приобщения к материалам дела, в рамках которого назначалась судебная экспертиза. Требований к оформлению результатов независимого исследования закон не содержит. Как правило, в этом случае также составляется заключение. Эксперты ООО «ОУСЭО» оформляют заключения с соблюдением указанных выше положений закона.